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连续微波食品干燥杀菌机物料在微波加热过程中同时发生生物效应。在微波的作用下，物料中的有害菌、虫害等微生物受到无极性热运动和极性转动两方面的作用而改变其排列组合状态及运动规律，使得生物体因蛋白质的变质而失活，并使细胞中核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）的若干氢键松弛、断裂或重组，干扰或破坏其正常的新陈代谢、遗传和增殖，抑制或致死菌体及害虫的生长，达到杀虫、灭菌、保鲜的效果。
连续微波食品干燥杀菌机具有穿透性能，表面和内部同时作用，能保证内、外温度一同达到要求值，所以微波干燥杀菌比常规热力干燥、杀菌更加均匀、彻底。
连续微波食品干燥杀菌机有热效应的快速升温和非热效应的双重杀菌作用，一般杀菌温度在65—70℃，75—80℃或103—121℃里，时间在3—8分钟，能保留更多的食品营养成分和色、香、味、形等风味。例如：采用常规热力处理蔬菜保留的维生素C是46—50%，相比之下，微波处理法能达到保留维生素C的60—90%。
